Primeros años de Sanzio 

Su madre, Magia di Battista di Nicola Ciarla, murió en 1491, y el 1 de agosto de 1494, Giovanni Santi, su padre, volvió a casarse. Con tan sólo 11 años, quedó huérfano y bajo la custodia legal de su tío Bartolomeo, sacerdote, que inició un litigio con la madrastra del chico. Sin embargo, Rafael continuó viviendo con ella cuando no acudía a su aprendizaje con un maestro. Aun así, ya había dado muestra de su talento, según Giorgio Vasari, quien cuenta que había sido "una gran ayuda para su padre". Un brillante autorretrato de su adolescencia muestra su precoz talento. El taller de su padre continuó y, probablemente en compañía de su madrastra, jugó un relevante papel en su gestión desde su juventud. En Urbino tuvo la oportunidad de conocer la obra de Paolo Uccello, el precedente pintor de la corte († 1475), y de Luca Signorelli, quien hasta el año 1498 residió y trabajó en la próxima Città di Castello.

Según Vasari, su padre lo colocó en el taller del maestro de Umbría Pietro Perugino como aprendiz, «a pesar de las lágrimas de su madre». La evidencia de un periodo de aprendizaje viene sólo de Vasari y de otra fuente, y ha sido discutida, porque su madre murió cuando él tenía ocho años, lo que sería demasiado pronto para comenzar a formarse. Una teoría alternativa es que recibió algún adiestramiento de Timoteo Viti, un pintor de la corte de Urbino desde 1495. Pero los historiadores modernos están de acuerdo en que Rafael trabajó al menos como ayudante de Perugino desde alrededor de 1500; la influencia de Perugino en sus primeras obras es muy evidente: "probablemente ningún otro discípulo de talento había absorbido las enseñanzas de su maestro como lo hizo Rafael, aun comparándolo con Leonardo da Vinci y Miguel Ángel", según Wölfflin. Vasari escribe que, en cuanto a este período, era imposible distinguir las obras de ambos artistas, pero muchos historiadores del arte modernos afirman haber detectado las partes que Rafael pintó como ayudante en obras de Perugino o de su taller. Aparte de la similitud estilística, sus técnicas eran también muy similares, por ejemplo, en la densa aplicación de la pintura, con el uso de un medio a base de barniz, en las sombras y los adornos oscuros, pero con una aplicación más ligera en las partes de carne. Sin embargo, el exceso de resina en el barniz ha causado a menudo grietas en áreas de las pinturas de ambos maestros. El taller de Perugino estaba activo tanto en Perugia como en Florencia, quizá con dos sucursales permanentes. Se considera que en 1501 Rafael era un Maestro de Pleno Derecho, completamente formado. (Talvacchia, 2007)

Su primera obra documentada fue el Retablo Baronci aunque hay una controversia con La resurrección de Cristo que fue realizada entre los años 1499 y 1501 para la Iglesia de San Nicolás de Tolentino en Città di Castello, una ciudad a medio camino entre Perugia y Urbino. Evangelista di Pian di Meleto, quien había trabajado para su padre, compartió el encargo de la obra, que data de 1500 y fue terminada en 1501; hoy en día sólo quedan algunas porciones y un boceto preparatorio. Durante los siguientes años pintó obras para otras iglesias, incluyendo la Crucifixión Mond alrededor de 1503 y Los desposorios de la Virgen de la Pinacoteca di Brera, así como obras para Perugia, como el Retablo Oddi La anunciación, La Adoración de los Magos y La coronación de la Virgen 1501-1503. Probablemente visitó Florencia en esta época. Se trata de obras mayores, algunas de ellas como frescos, en las que Rafael limita la composición al estático estilo de Perugino. En estos años pintó muchas pequeñas y exquisitas pinturas de caballete, la mayor parte posiblemente para amantes de la pintura de la corte de Urbino, como Las Gracias, El sueño del caballero o San Miguel, y empezó a pintar Virgen con el Niño entronizados y santos.

En el año de 1502 fue a Siena por invitación de otro discípulo de Perugino, Pinturicchio, "al ser amigo de Rafael y conocedor de su capacidad como artista de la más elevada calidad", porque le ayudó con las obras, y muy probablemente con los dibujos, para una serie de frescos en la Biblioteca Piccolomini de la Catedral de Siena. Es evidente que en esta etapa temprana de su carrera ya era un artista solicitado.

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